Υπήρχε συμμαχικό σχέδιο εγκατάστασης του Πολεμικού Ναυτικού στην Ελλάδα αμέσως μετά την αποχώρηση των Γερμανών. Τα πολεμικά πλοία θα έπρεπε να εγκαταστήσουν ναυτικές διοικήσεις, οι οποίες ουσιαστικά θα υποκαθιστούσαν την παρουσία του κράτους. Ως αρχηγός Σ.Ε.Ν.Ε.(Σχέδιον Εγκαταστάσεως Ναυτικού εν Ελλάδι) ορίστηκε ο κυβερνήτης του Γ. Ἀβέρωφ, πλοίαρχος Κώνστας. Για τους σημαντικότερους ελληνικούς λιμένες είχαν οριστεί τα ακόλουθα πλοία:
1. Γ. Ἀβέρωφ, Ἀδρίας για τον Πειραιά (Ν.Δ.1)
2. Ἰωνία για την Θεσσαλονίκη (Ν.Δ.2)
3. Πάνθηρ για την Πρέβεζα (Ν.Δ. 3)
4. Ἀετός για την Μυτιλήνη (Ν.Δ. 4)
5. Κουντουριώτης για την Σύρο (Ν.Δ. 5)
6. Κουντουριώτης για το Ηράκλειο (Ν.Δ.6)
7. Σπέτσαι για την Πάτρα (Ν.Δ. 7)
8. Σφενδόνη για Καλαμάτα (Ν.Δ. 8)
9. Ἱέραξ για Καβάλα (Ν.Δ. 9)
10. Νίκη για Βόλο (Ν.Δ.10)
Τον Οκτώβριο του 1944, ξεκίνησε από τους Βρετανούς η επιχείρηση Μάννα, με την οποία βρετανικές στρατιωτικές δυνάμεις αποβιβάζονταν στην Ελλάδα με σκοπό την διανομή της ανθρωπιστικής βοήθειας αλλά και την εδραίωση της τάξεως μέσα σε ένα περιβάλλον με ένοπλες αντάρτικες ομάδες. Σε αυτήν την επιχείρηση, έλαβαν μέρος όλα τα ελληνικά πολεμικά με επικεφαλής το θωρακισμένο καταδρομικό Γ. Ἀβέρωφ με κυβερνήτη τον πλοίαρχο Θ. Κουντουριώτη γιος του ναυάρχου και νικητή των Βαλκανικών Πολέμων Παύλου Κουντουριώτη. Από την άλλη, το Θεμιστοκλῆς με κυβερνήτη τον πλωτάρχη Σαρρή την 25η Σεπτεμβρίου παρέλαβε από την Χάιφα τρία πλοία επί των οποίων είχε επιβεί η ΙΙ μοίρα του Ιερού Λόχου, οδηγώντας στα στο Καψάλι Κυθήρων. Όταν τα πλοία έφθασαν, όλη η παραλία γέμισε με ελληνικές σημαίες. Στις 10:30’ το πρωί, ο κυβερνήτης αποβίβασε στη στεριά άγημα υπαξιωματικό, το οποίο οι κάτοικοι το συνόδευσαν σε πομπή στην μητρόπολη, όπου εψάλη δοξολογία τῆ Ὑπερμάχῳ Στρατηγῶ. Εν τω μεταξύ, διενεργούνταν η απόβαση των τμημάτων του Ιερού Λόχου, ενώ ο πληθυσμός των Κυθήρων μετά το πέρας της δοξολογίας με επικεφαλής τον μητροπολίτη συνόδευσε το άγημα του Θεμιστοκλῆς στο πλοίο, στο οποίο με ενθουσιασμό ανέβαιναν και το ασπάζονταν.
Την 8η /10, το Θεμιστοκλῆς κατόπιν περιπολιών με βρετανικά πλοία κατέπλευσε στο όρμο του Πόρου. Με την εμφάνιση του ελληνικού πλοίου, κωδωνοκρουσίες δόνησαν τον αέρα, ενώ το νήσι γέμισε με γαλανόλευκες σημαίες. Τις 8η , 9η και 10η Οκτωβρίου, το ελληνικό πολεμικό διενήργησε επιθετική περιπολία στον Σαρωνικό αναζητώντας μαζί με το βρετανικό Bicester και τρεις τορπιλακάτους εχθρική νηοπομπή στον Σαρωνικό. Οι τορπιλάκατοι κατόρθωσαν να πυρπολίσουν έμφορτο πετρελαιοφόρο της νηοπομπής αλλά αναγκάστηκαν να απομακρυνθούν διότι κινήθηκαν εναντίον τους τα εχθρικά συνοδά αντιτορπιλικά. Τα Θεμιστοκλῆς και Bicester έπλευσαν ολοταχώς εν μέσω ναρκοπεδίων αλλά δεν κατόρθωσαν να συναντήσουν τον εχθρό. Το απόγευμα της ίδια ημέρας το Θεμιστοκλῆς μαζί με το βρετανικό Cleveland περιπόλησε την περιοχή Μακρονήσου, Αγ. Γεωργίου, Ύδρας με αντικειμενικό σκοπό την παρεμπόδιση διαφυγής πλοίων από τον Σαρωνικό. Το Θεμιστοκλῆς διενήργησε βομβαρδισμό κατά παρατηρητηρίων του εχθρού στη Μακρόνησο και τον Αγ. Γεώργιο, χωρίς να σημειωθεί καμία αντίδραση. Την επόμενη νύχτα (10/10) τα συμμαχικά πλοία επανέλαβαν περιπολία στην ίδια περιοχή μαζί με δύο τορπιλακάτους.
Κατόπιν, στην επιχείρηση Μάννα έλαβαν μέρος και οι ημιολίες υπό τον αντιπλοίαρχο Λόντο. Κατά την αυγή της 11ης /10, ο στολίσκος των ημιολιών έφθασε στην Τήνο, την επομένη στην Κύθνο και στις 13 Οκτωβρίου αγκυροβόλησε στον Πόρο. Εκεί, ο αντιπλοίαρχος Λόντος ενημερώθηκε από τον βρετανό ναυτικό διοικητή του Πόρου ότι τα γερμανικά στρατεύματα είχαν αρχίσει να εκκενώνουν τον Πειραιά την νύχτα της 12ης προς 13ης Οκτωβρίου. Αποφασίστηκε ο αντιπλοίαρχος Λόντος να μεταβεί για αναγνώριση. Στη 13:30’ της 13ης /10 ,επιβαίνων της ML 463 εισήλθε στο λιμάνι της Ζέας. Ο Γερμανοι είχαν όντως εκκενώσει την πρωτεύουσα και ο Λόντος ρύθμισε την εκκένωση του όρμου της Ζέας ούτως ώστε να ελλιμενιστούν τα πλοία του στολίσκου των ημιολιών τα βρετανικά ML, καθώς και άλλων ελαφρών σκαφών. Καθορίστηκαν τα σημεία απόβασης 1.000 περίπου Βρετανών στρατιωτών.
Ο Λόντος επέστρεψε το απόγευμα της 13ης /10 στον Πόρο και από εκεί την 1η πρωινή της επομένης, 14/10 ξεκίνησε η πρώτη συμμαχική δύναμη για την απελευθέρωση της πρωτεύουσας και του Πειραιά. Προηγούνταν οκτώ ML, ακολουθούσαν ναρκαλιευτικά γριπίζοντας τον δίαυλο, ακολουθούσαν εννέα ημιολίες του ελληνικού στολίσκου και τελευταία τα οπλιταγωγά, τα οποία μετέφεραν την βρετανική στρατιωτική δύναμη.
Την 13η /10, το Γ. Ἀβέρωφ (κυβερνήτης πλοίαρχος Θ. Κουντουριώτης), επί του οποίου επέβαινε ο Αρχηγός Στόλου, απέπλευσε από την Αλεξάνδρεια κατευθυνόμενος προς την Ελλάδα. Τον ακολουθούσε η 16η ομάδα της αποβατικής επιχείρησης αποτελούμενη από το Ἰωνία, το βρετανικό Tetcot συνοδευόμενη από το Θεμιστοκλῆς και Oakley. Παράλληλα όλα τα άλλα πλοία του Ελληνικού Στόλου κατανεμημένα σε ομάδες κατευθύνονταν προς τα ελληνικά ύδατα.
Τα αρματαγωγά Σάμος και Χίος, τα οποία είχαν παραλάβει από τον Τάραντα αυτοκίνητα και άλλα μηχανοκίνητα μέσα καθώς και τμήματα Βρετανικού Στρατού κατέπλευσαν στον Πόρο (15/10) και από εκεί το Σάμος κατευθύνθηκε στο Καλαμάκι και το Χίος στον Πειραιά. Αποβίβασαν στις παραπάνω περιοχές τα στρατιωτικά τμήματα και το υλικό.
Την 15/10 απέπλευσαν από τον Πόρο τα Κρήτη, Ἀδρίας, Ἱέραξ και το βρετανικό Zetland συνοδεύοντας νηοπομπή, η οποία μετέφερε στρατεύματα με κατεύθυνση τον Πειραιά. Όταν η νηοπομπή έφθανε σε περιοχές ναρκοπεδίων, ελληνικά και βρετανικά ναρκαλιευτικά που την συνόδευαν άρχισαν το έργο της γρίπισης των διαύλων. Κατά την διάρκεια τους τα ελληνικά ναρκαλιευτικά Κάσος και Κως καθώς και τα βρετανικά Larne και Clinton προσέκρουσαν σε νάρκες και βυθίστηκαν. Το πρωί της 16/10 το κύριο σώμα της αποβατικής δύναμης αποβιβαζόταν στον Πειραιά.
Το Γ. Ἀβέρωφ, στο οποίο επέβαινε ο πρωθυπουργός Γ. Παπανδρέου μαζί με μέλη της ελληνικής Κυβέρνησης, απέπλευσε με την ιδιὀτητα του επικεφαλής της κύριας ναυτικής δύναμης, από τον Πόρο την 17η Οκτωβρίου. Το απόγευμα της ίδιας μέρας, ο απόδημος Ελληνικός Στόλος αγκυροβολούσε στο Φάληρο. Ήταν η σειρά της ελληνικής πατρίδας να δει τα ξενιτεμένα της πλοία, τα οποία αφού έδρασαν σε παγκόσμιες θάλασσες επέστρεψαν μεταφέροντας το χαρμόσυνο μήνυμα της απελευθέρωσης. Το Πολεμικό Ναυτικό είχε κατορθώσει να διατηρηθεί ενωμένο παρά τις αντίξοες συνθήκες της εξορίας, Ενωμένο με νέα πλοία, μικρό μεν αλλά με παγκοσμιότητα επέστρεψε νικηφόρο στις ελληνικές θάλασσες.
