Το ελληνικό Πολεμικό Ναυτικό είναι το μοναδικό του κόσμου το οποίο συνδυάζει την υπερτρισχιλιετή παράδοση με την γνώση των σύγχρονων δογμάτων πολέμου. Το παραπάνω συνδυάζεται και με το αήττητο καθώς ακόμα και όταν η Χώρα διαλυόταν με την γερμανική εισβολή του Απριλίου του 1941, τα ελληνικά πολεμικά πλοία κατήλθαν στην Μέση Ανατολή, όπου το Ναυτικό αναδιοργανώθηκε πολεμώντας στο πλευρό των συμμάχων εναντίον των εχθρών του Έθνους. Ποιός δεν μπορεί να δει την αναλογία με τους Αρχαίους Αθηναίους οι οποίοι αν και έχασαν την πόλη τους από τους Πέρσες, στην συνέχεια καταναυμάχησαν τον περσικό στόλο στην Σαλαμίνα; «Ἐστίν ἡμῖν πατρίς αἳ διακόσιαι νῆες πεπληρωμέναι» θα απαντήσει ο Θεμιστοκλής στον Κορίνθιο στρατηγό Αδείμαντο που μετά την καταστροφή της Αθήνας τόλμησε να φιμώσει τον ηγέτη της Αθήνας με το επιχείρημα ότι δεν έχει δικαίωμα να ομιλεί, αφού δεν έχει πια πόλη.
Οι πρώτες μαρτυρίες ναυτικού πολιτισμού στην Ελλάδα βυθίζονται πίσω στην τρίτη χιλιετία π.Χ. με τον Κυκλαδικό Πολιτισμό, η πρώτη ναυτική εκστρατεία που μαρτυρείται είναι η Τρωική, όχι μόνο στον μεταγενέστερο Όμηρο αλλά και σε μυκηναϊκές πλάκες γραμμένες σε Γραμμική Β ΄, ενώ ο πρώτος ναυτικός ταξιδευτής ο Οδυσσέας. Στην κλασική εποχή και στην αρχαία Αθήνα τοποθετείται η γένεση της Δημοκρατίας, καθώς η κατίσχυση του «αθηναϊκού ναυτικού όχλου» επί των ευγενών, ενώ η πόλη στηριζόταν όλο και περισσότερο στους κωπηλάτες της, τους ερέτες, μετέτρεψε σταδιακά το πολίτευμα. Η ναυτική ισχύς οδήγησε όμως και στα δόγματα της πολιτικής που χρησιμοποιούνται κατά κόρον από τους αναλυτές των διεθνών σχέσεων κυρίως της ρεαλιστικής σχολής. Οι έννοιες «αυτοκρατορία», «ιμπεριαλισμός» και «προληπτικό χτύπημα» υπάρχουν και αναλύονται στον Θουκυδίδη. Εκφραστής αυτών ο Περικλής αλλά και ο τόσο παρεξηγημένος Αλκιβιάδης.
Από την ελληνιστική εποχή και ιδιαίτερα την ρωμαϊκή το Ναυτικό υποβιβάζεται. Μέχρι και την εμφάνιση των Αράβων δεν υπήρχε ναυτικός αντίπαλος για την Δυτική και μετά την Ανατολική Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία. Η Ανατολική Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία από ένα σημείο και ύστερα ελληνοποιείται πλήρως, αποτελώντας το τελευταίο ελληνιστικό βασίλειο εκπροσωπώντας τον Μεσαιωνικό Ελληνισμό. Ήδη στα χρόνια του Οκταβιανού Αυγούστου, στο απόγειο της ρωμαϊκής δύναμης, ο Ρωμαίος ποιητής Οράτιος θα αναφωνήσει «Η κατακτημένη Ελλάδα υπέταξε τον αγροίκο νικητή της και εισήγαγε τις τέχνες στο απολίτιστο Λάτιο ». Ο «αυτοκράτωρ των Ρωμαίων» γίνεται «βασιλεύς των Ελλήνων». Παρ’ όλα αυτά η Αυτοκρατορία θα παραμείνει ως επί το πλείστον με χερσαία αντίληψη πληρώνοντάς το, όταν οι ιταλικές πόλεις στα χρόνια της παρακμής θα αναλάβουν την ναυτική κηδεμονία της.
Η γένεση του Ναυτικού στα νεότερα χρόνια και η αρχή της ηγεσίας
Από το 15ο αιώνα τα νησιά Ύδρα και Σπέτσες αναπτύσσονται με εισροή πληθυσμών από την Πελοπόννησο, ενώ τα Ψαρά από την Εύβοια, τη Θεσσαλία, τη Μαγνησία αλλά και τη Χίο. Παράλληλα το εμπόριο της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας σταδιακά περνά στον έλεγχο των Ελλήνων, των Αρμενίων και των Εβραίων. Ο ιστορικός Douglas Dakin θα αναφέρει ότι «οι Έλληνες είχαν δημιουργήσει μια εμπορική αυτοκρατορία στην Οθωμανική Αυτοκρατορία πριν να δημιουργήσουν κράτος ». Οι νησιώτες, οι οποίοι ζούσαν σε άγονο περιβάλλον πολύ γρήγορα στράφηκαν στο ναυτικό εμπόριο και την πειρατεία.
Δεν είναι υπερβολή να πούμε ότι η Ελληνική Επανάσταση του 1821 πέτυχε λόγω της ύπαρξης του Στόλου των νησιωτών. Κυρίως τα τρία νησιά Ύδρα, Σπέτσες και Ψαρά (χωρίς να υποβαθμίζεται ο ρόλος άλλων νησιών και ναυτικών περιοχών όπως για παράδειγμα η Κάσος και το Γαλαξίδι) άμα τη εκρήξει της Επαναστάσεως μετέτρεψαν τους ισχυρούς εμπορικούς τους στόλους σε πολεμικούς. Τότε τα πολεμικά πλοία δεν διέφεραν με τον τρόπο που το κάνουν σήμερα από τα εμπορικά. Για την ακρίβεια τα εμπορικά πλοία έπρεπε να είναι και πολεμικά για να αντιμετωπίζουν τον κίνδυνο της πειρατείας.

Ο Τρινήσιος Στόλος, που ονομαζόταν έτσι λόγω των τριών νησιών Ύδρα, Σπέτσες και Ψαρά, είχε το δικό του σύστημα διακυβέρνησης. Αν και «Μινιστέριον (Υπουργείο) των Ναυτικών» υπήρχε από το 1822, αυτό είχε ελάχιστη επιρροή στον εφοπλιστικό (επί + οπλιζω) στόλο των νησιωτών. Τα πλοία των Επαναστατών ανήκαν σε πλοιοκτήτες, ενώ σημαντική επιρροή είχε και το συνεταιριστικό σύστημα επί πλοίων, η συντροφοναυτία. Με αυτό το σύστημα ο καθένας, είτε ήταν καπετάνιος είτε απλός ναύτης, είχε δικαίωμα στα κέρδη.
Στις κοινές επιχειρήσεις αναγνωριζόταν ως αρχηγός ο ναύαρχος της Ύδρας και πολύ σύντομα ο Ανδρέας Μιαούλης, διότι όλοι είχαν αναγνωρίσει τις ηγετικές και ναυτικές του ικανότητες: είχε μια σχεδόν μυστικιστική ικανότητα στο να αντιλαμβάνεται την φορά του ανέμου και να τον εκμεταλλεύεται στο έπακρο. Σε αυτήν την περίοδο εντοπίζεται η παράδοση του «επιχειρησιακού αρχηγού» του Ναυτικού που στα σύγχρονα χρόνια θα λάβει «σάρκα και οστά» στο αξίωμα του Αρχηγού Στόλου.

Στην περίοδο διακυβέρνησης του ελεύθερου κράτους από τον Καποδίστρια γίνονται οι πρώτες προσπάθειες οργάνωσης της κεντρικής ηγεσίας του Πολεμικού Ναυτικού. Ο Καποδίστριας έχοντας να αντιμετωπίσει όλη αυτήν την κατάσταση κατέληξε στο συμπέρασμα ότι έπρεπε να εφαρμόσει συγκεντρωτική διοίκηση προκειμένου να επιλυθούν κατά το δυνατόν τα προβλήματα. Έτσι, αυτή η λογική θα χαρακτηρίζει όλες του τις μεταρρυθμίσεις, από το κυβερνητικό ζήτημα μέχρι και τα στρατιωτικά. Η νομοθετική και εκτελεστική εξουσία συγκεντρώθηκε στο πρόσωπο του Κυβερνήτη, ενώ υπήρχε και ένα γνωμοδοτικό όργανο το Πανελλήνιον. Στην επιλογή ανθρώπων για τις ανώτερες κυβερνητικές θέσεις ακολούθησε κριτήρια αξιολογικά, προσπαθώντας παράλληλα να συγκεράσει και τα συμφέροντα των γαιοκτημόνων της Πελοποννήσου και των πλοιοκτητών της Ύδρας.
Η ηγεσία του Στόλου, μετά την αποχώρηση του Κόχραν τον Δεκέμβριο του 1827, ρυθμίστηκε ως εξής: την αρχηγία της Μοίρας του Αιγαίου την είχε ο Μιαούλης και την αρχηγία του υπαγόμενου σε αυτήν Στολίσκου των Πυρπολικών ο Κανάρης· τη Μοίρα Ακτών Μεσσηνίας ανέλαβε ο Γεώργιος Σαχτούρης, ο οποίος επιφορτίστηκε και με τον θαλάσσιο αποκλεισμό από την Πρέβεζα ως την Κρήτη· την αρχηγία της Μοίρας Ευβοϊκού ανέλαβε ο Γεώργιος Σαχίνης, ενώ τη Μοίρα Κορινθιακού, η οποία αργότερα μετονομάστηκε σε Μοίρα Δυτικής Ελλάδος, ανέλαβε ο πλοίαρχος Άστιγξ , μετά τον θάνατο αυτού ο Μπασάνος (ο Κορσικανός φιλέλληνας Antonio Bassano) τέλος, ο Αντώνιος Κριεζής.

Ο Καποδίστριας συγκρότησε τον Ιανουάριο του 1828 ένα νέο όργανο το Πολεμικό Συμβούλιο, το οποίο προΐστατο του Στρατού και του Στόλου. Σε αυτό, προήδρευε ο ίδιος ο Κυβερνήτης. Στη συνέχεια, συστάθηκε το Γενικό Φροντιστήριο, το οποίο υπαγόταν στο Πολεμικό Συμβούλιο και ησχολείτο με οικονομικές υποθέσεις. Υπεύθυνος για το Ναυτικό στην επιτροπή αυτή ήταν ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος, ο οποίος ήταν και μέλος του Πολεμικού Συμβουλίου. Ο Κυβερνήτης τοποθέτησε τον Μαυροκορδάτο για να δώσει προβάδισμα στην αγγλική επιρροή έναντι της γαλλικής. Υπεύθυνος του Στρατού ορίστηκε ο αδερφός του Κυβερνήτη, Βιάρος Καποδίστριας και ο Κωνσταντίνος Ζωγράφος υπεύθυνος των αποθηκευμένων στον Πόρο υλικών πολεμοφοδίων.
Τον Σεπτέμβριο του 1829, με το ΛΔ΄ ψήφισμα περί διοργανισμού του υπουργικού συστήματος καταργήθηκαν τα τρία τμήματα του Πανελληνίου, καθώς και το υπαγόμενο σε αυτό Γενικό Φροντιστήριο· δημιουργήθηκαν λοιπόν, έξι υπουργεία – Φροντιστήρια λέγονταν τότε – μεταξύ των οποίων και το επί των Στρατιωτικών και Ναυτικών. Λίγο αργότερα το Φροντιστήριο αυτό μετονομάστηκε σε Γραμματεία και διαχωρίστηκε την 1η Απριλίου του 1830 σε δύο ανεξάρτητες Γραμματείες, των Ναυτικών και των Στρατιωτικών. Γραμματέας επί των Ναυτικών παρέμεινε μέχρι τον Ιούλιο του 1831 ο Βιάρος Καποδίστριας και στη συνέχεια, αντικαταστάθηκε από τον Γεώργιο Γλαράκη.

Η διοίκηση του Ναυτικού οργανώνεται το 1828. Συγκεκριμένα, τον Μάρτιο ιδρύεται η Υπηρεσία των Προσωρινών Διευθυντών των Ναυτικών Υποθέσεων του Πόρου με επικεφαλής τον Φραγκίσκο Άστιγξ, ενώ συνδιευθυντής ήταν ο Εμμανουήλ Τομπάζης. Η Υπηρεσία είχε προέλθει από την αναδιοργάνωση της παλαιότερης Επιτροπής επί των Ναυτικών Υποθέσεων, η οποία είχε συσταθεί στον Πόρο τον Μάρτιο του 1827 και για μικρό χρονικό διάστημα ονομαζόταν Ναυτική Επιτροπή.
Τον Μάρτιο του 1829 οι αρμοδιότητες της Υπηρεσίας διευρύνθηκαν και έγινε ένα είδος ναυαρχείου με αρμοδιότητες που κάλυπταν αυτές ενός Αρχηγείου Στόλου και ενός ανωτάτου Ναυτικού Τεχνικού συμβουλίου, ενώ πριν από την διεύρυνση οι ασχολίες του αφορούσαν μόνο στη διοικητική μέριμνα. Η επίσημη συγκρότησή της έγινε τον Οκτώβριο του 1829 και υπεύθυνοι ορίστηκαν οι ναύαρχοι Γεώργιος Σαχτούρης από την Ύδρα, Γεώργιος Ανδρούτσος από τις Σπέτσες και ο Κωνσταντίνος Κανάρης από τα Ψαρά. Εκείνη την εποχή μετονομάστηκε σε Ναυτική Ὑπηρεσία τοῦ ἐν Πόρῳ Ναυστάθμου.

Στην εποχή της Αντιβασιλείας και του Όθωνα η πυραμοειδής διοίκηση του «Βασιλικού Ναυτικού» ολοκληρώνεται. Η πρώτη λοιπόν Αρχή στο Ναυτικό ήταν η επί των Ναυτικών Γραμματεία, η οποία είχε τη γενική διεύθυνση του Ναυτικού. Μεριμνούσε για τη βελτίωσή του, τη διατήρησή του, τη ναυπήγηση νέων μονάδων, τη συντήρηση και τον εξοπλισμό όλων των πλοίων κ.ά. πολλά. Θα μπορούσε να πει κανείς, ότι ήταν ένα είδος Υπουργείου των Ναυτικών. Άλλωστε θα μετονομαστεί σε Υπουργείο Ναυτικών μετά τη μεταπολίτευση του 1843.
Όσον αφορά στην οργάνωση της επί των Ναυτικών Γραμματείας, αυτή αναλύεται στο Διάταγμα της 19ης / 28ης Απριλίου 1833 . Το προσωπικό της αποτελούνταν από ἕναν διευθυντὴ τοῦ γραφείου, ὅστις θέλει ἐκλεχθῇ ἐξ ἐκείνων τῶν ἀνωτέρων ἀξιωματικῶν ἢ ὑπαλλήλων τοῦ Ναυτικοῦ, οἵτινες διέπρεψαν διὰ τῶν γνώσεων καὶ ἀξίας των, από δύο γραμματείς, έναν γραφέα κι έναν κλητήρα (κλήτορα).
Ακριβώς από κάτω ήταν το Ναυτικό Διευθυντήριο, που είχε οριστεί να εδρεύει στο πρώτο λιμάνι της χώρας, αλλά τοποθετήθηκε στον Πόρο προσωρινά. Αποτελούταν από το ακόλουθο προσωπικό, το οποίο συμπληρωνόταν από τους απαιτούμενους επιστάτες αποθηκών:
1/ ένας διευθυντής
2/τρεις έφοροι, ένας του λιμένος, ένας των νεωρίων και ένας του προσωπικού και των επιθεωρήσεων.
3/ένας ελεγκτής
4/ένας προϊστάμενος του οπλοστασίου
5/ένας τροφοδότης
6/ένας ταμίας
7/ένας γραμματέας της Διευθύνσεως
8/δύο λογιστές, τέσσερεις υπογραμματείς και τρεις αντιγραφείς για τις γραφειοκρατικές ανάγκες της Υπηρεσίας.
Στο Ναυτικό Διευθυντήριο υπάγονταν η Ναυτική Οικονομία, ο Ναύσταθμος και όλοι οι αξιωματικοί και τα πληρώματα των πολεμικών πλοίων.
Ο διευθυντής υποβοηθείτο στα καθήκοντά του από τους τρεις εφόρους και τον ελεγκτή. Αυτός επιτηρούσε κάθε ναυπήγηση και επισκευή πλοίων, επαγρυπνούσε για τη συντήρηση των υπαρχόντων και επιστατούσε στον εφοπλισμό και αφοπλισμό των πλοίων. Ώφειλε επίσης να επιθεωρεί τουλάχιστον μία φορά την εβδομάδα τον Ναύσταθμο για να βλέπει την πρόοδο των εργασιών. Πρέπει μάλιστα να τονιστεί ότι εκείνη την εποχή όλα τα πλοία αφοπλίζονταν και έμεναν υπό συντήρηση στον λιμένα και όποτε διέταζε η επί των Ναυτικών Γραμματεία τον απόπλου τους, αυτά εφοπλίζονταν και επανδρώνονταν. Καμία πληρωμή δεν γινόταν χωρίς την υπογραφή του στις καταστάσεις, όπως και η προμήθεια υλικών ή τροφίμων και γενικά, χρήσιμων ειδών για τον εξοπλισμό των πλοίων. Για κάθε προμήθεια αυτός υπέβαλε δείγμα με την τιμή στην επί των Ναυτικών Γραμματεία. Τέλος, ο διευθυντής υποχρεούτο να υποβάλει, μέσω της επί των Ναυτικών Γραμματεία, στον βασιλέα ετήσια έκθεση διαγωγής όλων των αξιωματικών και υπαλλήλων του Διευθυντηρίου και του Ναυστάθμου.
Υπό την προεδρία του διευθυντού συνερχόταν το Συμβούλιο του Διευθυντηρίου, το οποίο απαρτιζόταν από τον ίδιο, τους τρεις εφόρους και τον ελεγκτή, ενώ χρέη γραμματέα εκτελούσε ο γραμματέας του Διευθυντηρίου. Σκοπός του Συμβουλίου ήταν να βοηθά τον διευθυντή στα καθήκοντά του, ενώ η ψήφος των μελών του ήταν συμβουλευτική. Όταν στο Συμβούλιο επρόκειτο να συζητηθεί ζήτημα περί πυροβολικού ή περί τροφών, καλούνταν να παραστούν και οι επιφορτισμένοι ειδικά σε αυτούς τους κλάδους, των οποίων η γνώμη καταχωρούταν στα πρακτικά. Σε περίπτωση που το Συμβούλιο είχε διαφορετική γνώμη από αυτήν των ειδικών, έπρεπε να αναφερθούν οι λόγοι της διαφοροποίησης στα πρακτικά. Κάθε τρίμηνο ο διευθυντής υπέβαλλε στην επί των Ναυτικών Γραμματεία τους λογαριασμούς της ληψοδοσίας του προς έγκριση. Προτού λήξει η τριμηνία, υπέβαλλε τον προϋπολογισμό των εξόδων της επόμενης τριμηνίας.
Επιχειρησιακά το Βασιλικό Ναυτικό χωριζόταν μέχρι το 1841 σε δύο ναυτικές μοίρες. Την Μοίρα του Αιγαίου και την Μοίρα των Δυτικών Παραλίων. Οι δύο μοίρες θα ενωθούν το 1841 με Διοικητή τον Ναυμάχο του 1821 Κωνσταντίνο Κανάρη και έδρα το Ναύπλιο. Οι ναυτικές μονάδες του Στόλου την εποχή αυτή ασχολούνται με την μεταφορά προσωπικού – λόγω της ληστοκρατίας που επικρατούσε στα ενδότερα της Χώρας, οι θαλάσσιες μεταφορές ήταν οι πιο ασφαλείς – και την καταπολέμηση της πειρατείας.
Το 1866 μπορεί να θεωρηθεί ως η αρχή της εκσυγχρονιστικής πορείας του Πολεμικού Ναυτικού. Η Κρητική Επανάσταση και η αδυναμία αντιμετώπισης του υπέρτερου Οθωμανικού Στόλου θα πανικοβάλει την πολιτική και στρατιωτική ηγεσία, η οποία είχε αμελήσει ότι αποστολή ενός πολεμικού ναυτικού δεν είναι η αντιμετώπιση της πειρατείας αλλά η διεξαγωγή πολέμου. Ο εξοπλιστικός αγώνας θα ολοκληρωθεί λίγο πριν την έναρξη των Βαλκανικών Πολέμων.
Η ηγεσία του Πολεμικού Ναυτικού στους Βαλκανικούς Πολέμους (1912 – 1913)
Το Πολεμικό Ναυτικό τις παραμονές των Βαλκανικών Πολέμων δεν έχει καμία σχέση με το Παρελθόν. Διαθέτει αξιόμαχα και σύγχρονα πλοία (με κορωνίδα το θωρακισμένο καταδρομικό «Γεώργιος Αβέρωφ»), μια οργανωμένη και αποδοτική ναυτική εκπαίδευση (το 1879 δημιουργείται η Σχολή Ναυτοπαίδων, το 1884 η Σχολή Ναυτικών Δοκίμων) και έναν οργανωμένο Ναύσταθμο στην Σαλαμίνα (ο Ναύσταθμος μεταφέρθηκε το 1878 από τον Πόρο στην Σαλαμίνα πρώτα στην Μονή Φανερωμένης και το 1881 στην θέση Αράπη). Οι νίκες επί του Οθωμανικού Ναυτικού στις ναυμαχίες της Έλλης και της Λήμνου, οι οποίες «κλείδωσαν» την ελληνική κυριαρχία στο Αιγαίο, επικύρωσαν αυτήν την αλλαγή σε σχέση με τα προηγούμενα χρόνια.

Το γνωστό μας Γενικό Επιτελείο Ναυτικού (Γ.Ε.Ν.) συστάθηκε αρχικά επί βασιλέως Γεωργίου Α΄ δυνάμει του ν. ΓΣΚΖ΄ της 21 Ιουλίου του 1907. Στη συνέχεια, δια του από 12η Νοεμβρίου του ίδιου έτους εκδοθέντος Β.Δ. κυρώθηκε ο πρώτος οργανισμός του. Το Γενικό Επιτελείο Ναυτικού, όταν δημιουργήθηκε, είχε ακριβώς την έννοια που περιγράφει το όνομά του, ήταν το επιτελείο του υπουργού Ναυτικών, ο οποίος ήταν ο επί κεφαλής του Ναυτικού. Το Γ.Ε.Ν. τότε δεν είχε διοικητικές αρμοδιότητες αλλά συμβούλευε τον υπουργό και τού εξηγούσε τις ναυτικές ιδιαιτερότητες. Η αποστολή αυτή δεν απαιτούσε ο Α/ ΓΕΝ να είναι ο αρχαιότερος αξιωματικός του Ναυτικού. Ο Αντιπλοίαρχος Ματθαίος Ματθαιόπουλος ΒΝ διετέλεσε Αρχηγός Γ.Ε.Ν. στον Α΄ Βαλκανικό Πόλεμο, ενώ υπήρχαν αρχαιότεροι αξιωματικοί στο Ναυτικό, όπως ο Παύλος Κουντουριώτης.


Το Πολεμικό Ναυτικό επιχειρησιακά διέθετε δύο σχηματισμούς: τον Στόλο του Αιγαίου και την Μοίρα Ιονίου. Προσετέθη αργότερα η Μοίρα των Ευδρόμων αποτελούμενη από επίτακτα εμπορικά υπό την διοίκηση του Πλοιάρχου Ιωάννη Δαμιανού ΒΝ. Την διοίκηση του Στόλου του Αιγαίου ανέλαβε ο Παύλος Κουντουριώτης, ο οποίος προήχθη από Πλοίαρχο σε Υποναύαρχο. Ο Στόλος του Αιγαίου ήταν ο σημαντικότερος σχηματισμός για αυτό παρατηρείται στα έγγραφα ότι ο Παύλος Κουντουριώτης υπογράφει ως «Υποναύαρχος – Αρχηγός». Η προσφώνηση του με την λέξη «Στόλαρχος» είναι συνήθης.
Η ηγεσία του Πολεμικού Ναυτικού από το τέλος των Βαλκανικών Πολέμων μέχρι και το τέλος του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου
Μετά το ζενίθ των Βαλκανικών Πολέμων ήλθε το ναδίρ, ο Εθνικός Διχασμός και η κατάληψη του Ελληνικού Στόλου από τους Γαλλοβρετανούς στο πλαίσιο των πιέσεών τους στο να εξέλθει η Χώρα από την ουδετερότητα στο πλευρό της Αντάντ. Μετά την έξωση του βασιλιά, την επιστροφή του Βενιζέλου και την ενοποίηση της Ελλάδας, άρχισε η σύντονη προσπάθεια ανασυγκρότησης του Ναυτικού με ηγέτη, όπως και στους Βαλκανικούς Πολέμους, τον Ναύαρχο Παύλο Κουντουριώτη. Τα πλοία και ο Ναύσταθμος επεστράφησαν στην Ελλάδα, αλλά σε κακή κατάσταση. Προτεραιότητα στην ανασυγκρότηση δόθηκε στο θωρακισμένο καταδρομικό Γεώργιος Ἀβέρωφ και στα λεγόμενα θηρία (Λέων, Ἱέραξ, Ἀετός, Πάνθηρ).
Με τη λήξη του πολέμου, η Ελλάδα ήταν στις νικήτριες δυνάμεις. Στον Μούδρο της Λήμνου υπεγράφη η ανακωχή μεταξύ των Συμμάχων της Αντάντ και της ηττηθείσης Οθωμανικής Αυτοκρατορίας (17/30 Οκτωβρίου 1918). Το Γεώργιος Άβέρωφ κατέπλευσε με τη συμμαχική δύναμη στον Βόσπορο. Την 14η Νοεμβρίου του 1918 αγκυροβόλησε μπροστά στο σουλτανικό ανάκτορο του Ντολμά Μπαχτσέ, προκαλώντας ακράτητο ενθουσιασμό στους Έλληνες. Το Ελληνικό Ναυτικό ήταν παρόν στη σημαντικότερη στιγμή του Έθνους, όταν μετά από τόσους αιώνες οι Έλληνες έμπαιναν θριαμβευτές στην πάλαι ποτέ πρωτεύουσα του Βυζαντίου.

Στην Μικρασιατική Εκστρατεία επιχειρησιακά το Ναυτικό διαθέτει τον Θωρηκτό Στόλο και τον Ελαφρό Στόλο. Είναι ο λόγος που στην στήλη διατελεσάντων Αρχηγών Στόλου παρατηρείται το φαινόμενο δύο ονόματα να διατελούν αρχηγοί την ίδια περίοδο. Σε έγγραφα της εποχής πολλές φορές ο Υποναύαρχος Ιωάννης Ηπίτης ΒΝ υπογράφει ως «Αρχηγός Στόλου Α΄» (Αρχηγός των Θωρηκτών). Μετά την Μικρασιατική Εκστρατεία φαίνεται να υπάρχει το αξίωμα του Αρχηγού Στόλου. Τις παραμονές του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου συνυπάρχουν ο Αρχηγός του Γενικού Επιτελείου Ναυτικού και ο Αρχηγός Στόλου. Ο Αρχηγός Στόλου Υποναύαρχος Επαμεινώνδας Καββαδίας ΒΝ διατηρεί την πρωτοκαθεδρία ενώ ο Αρχηγός Γ.Ε.Ν. Υποναύαρχος Αλέξανδρος Σακελλαρίου ΒΝ δεν είναι ο αρχαιότερος αξιωματικός του Ναυτικού. Στην Μέση Ανατολή το αξίωμα του Αρχηγού Γ.Ε.Ν. εξαφανίζεται, ενώ ο Αλέξανδρος Σακελλαρίου αναλαμβάνει Υπουργός Ναυτικών και Αντιπρόεδρος της κυβέρνησης Τσουδερού. Το αξίωμα του Αρχηγού Στόλου συνεχίζει να υφίσταται.
Το Πολεμικό Ναυτικό στην Μέση Ανατολή αναδιοργανώνεται και δοξάζεται. Κυβερνήτες, Αξιωματικοί και Πληρώματα αρνούνται να οδηγήσουν τα παλαιά τους πλοία σε περιόδους μακράς επισκευής οδηγώντας τα στα άκρα. Με αυτά τα «αρχαία» πλοία το Πολεμικό Ναυτικό καθίσταται ο πολυτιμότερος σύμμαχος των Βρετανών πολεμώντας σε όλα τα μήκη και πλάτη της Γης. Το Πολεμικό Ναυτικό καθίσταται παγκόσμιο. Από το 1942 αρχίζει η παράδοση πολεμικών πλοίων επί δανεισμώ στο Ναυτικό από τους Βρετανούς και τους Αμερικάνους για να συνεχιστεί η επιχειρησιακή δράση του. Με αυτή την ανανέωση του Στόλου αλλά και με τις μετασκευές των ήδη υπαρχόντων πλοίων, όπως του αντιτορπιλικού Β. Όλγα, τα στελέχη του Ναυτικού εθίζονται στην νέα τεχνολογία και στις νέες ναυτικές τακτικές. Τα στελέχη του Στόλου καθίστανται επιστήμονες του Ναυτικού Όπλου. Κατά την διάρκεια του πολέμου, το Πολεμικό Ναυτικό θα χάσει πολλές ναυτικές μονάδες, ενώ οι απώλειές του σε ανθρώπινο δυναμικό θα ξεπεράσουν τα χίλια άτομα.
Η ηγεσία του Πολεμικού Ναυτικού στην μεταπολεμική εποχή (1944 – 1974)
Το 1944 αρχίζει να δημιουργείται η σύγχρονη δομή του Πολεμικού Ναυτικού. Με την οργανωτική διαταγή του Ναυαρχείου (Διαταγή υπ’ αριθμ. 11, Περί ΓΕΝ, 12 Νοεμβρίου 1944, Αλεξάνδρεια η οποία υπογράφεται από τον Ναύαρχο Πέτρο Βούλγαρη.) Σε αυτή το ΓΕΝ ορίζεται ως τμήμα του Ναυαρχείου και είναι ο εκτελεστικός οργανισμός των αποφάσεων του Ανωτάτου Ναυτικού Συμβουλίου (ΑΝΣ) και Ναυαρχείου δια τα αφορώντα την οργάνωσιν του ΒΝ και την στρατηγική και τακτική χρησιμοποίησιν των Ν. Μονάδων. Καθορίζονται αναλυτικά τα νέα καθήκοντα του ΓΕΝ, το οποίο καθίσταται πλέον αρμόδιο για θέματα που αφορούν επιχειρήσεις, ναυτικές προετοιμασίες πλοίων και υπηρεσιών, ναυτικούς εξοπλισμούς, νομοθεσία, προσωπικό, εκπαίδευση, ναυτολογία, οικονομικά και υλικό. Τονίζεται μάλιστα ότι ο Αρχηγός ΓΕΝ εξομοιούται κατά τα δικαιώματα, τιμές, αποδοχές και πειθαρχική δικαιοδοσία επί του υπ’ αυτόν προσωπικού προς Αντιναύαρχο Αρχηγό Στόλου. Η οργάνωση του ΓΕΝ περιελάμβανε: 1/ Γραφείο Ναυάρχου Αρχηγού, 2/ Υπασπιστήριο ΓΕΝ και Γραφείο Υπαρχηγού, 3/ τρεις Διευθύνσεις (Α,Β,Γ ) και 4/ Δύο τμήματα αυτοτελή, Συνεννόηση και Ιστορική Υπηρεσία.

Με την σύσταση για πρώτη φορά του υπουργείου Εθνικής Αμύνης, τον Απρίλιο του 1950, τα υπουργεία των τριών Όπλων (Στρατιωτικών, Ναυτικών και Αεροπορίας) υποβιβάστηκαν σε υφυπουργεία. Δημιουργείται συνακόλουθα το Γενικό Επιτελείο Εθνικής Αμύνης ως συντονιστικό όργανο των τριών κλαδικών Γενικών Επιτελείων αποκλειστικά σε διακλαδικά θέματα . Παράλληλα, ο θεσμός του Ναυαρχείου παύει να υφίσταται. Σε έγγραφο του Υπουργείου Εθνικής Αμύνης με θέμα Περί Οργανώσεως του Βασιλικού Ναυτικού (Αρ. 0010992/53, 13 Οκτωβρίου 1953, Αθήνα) περιγράφεται η νέα διοικητική οργάνωση του Πολεμικού Ναυτικού, η οποία ιεραρχικά έχει ως εξής:
• Υπουργός Εθνικής Αμύνης
• Υφυπουργός Ναυτικών
• Α/ ΓΕΝ
• ΑΣ, ΑΒΝ (Αρχηγός Βασιλικών Ναυστάθμων) και ΑΝΕ (Αρχηγός Ναυτικής Εκπαίδευσης).
o Ο ΑΣ έχει υπό την διοίκησή του τους ΑΔΕΣ (Ανώτερος Διοικητής Ελαφρών Σκαφών), ΑΔΠΑ (Ανώτερος Διοικητής Παρακτίου Αμύνης), ΔΥ (Διοικητής Υποβρυχίων, ο οποίος διοικεί και τις οικείες Βάση και Σχολή), ΔΝΑΡ (Διοικητής Ναρκαλιευτικών) και ΔΠΑ (Διοικητής Πλοίων Αποβάσεως).
o Ο ΑΝΕ διοικεί τα Κέντρα Εκπαίδευσης και τις Σχολές (πλην Ναυτικής Ακαδημίας, Σχολής Υποβρυχίων, Σχολής Αποβατικών και Σχολής Τεχνιτών Ναυστάθμου), τα εκπαιδευτικά πλοία και το Ναυτικό Στρατολογικό Γραφείο Πειραιώς.
Ο Αρχηγός Στόλου το 1959 «διασπάται» σε «Αρχηγό Αιγαίου Πελάγους» (ΑΑΠ) και «Αρχηγό Κρητικού και Ιονίου Πελάγους» (ΑΚΙΠ). Αυτή η διάσπαση υφίσταται μέχρι το 1968 . Το 1968 με το Νομοθετικό Διάταγμα της 14 Δεκεμβρίου «Περί Υπουργείου Εθνικής Αμύνης και των Οργάνων της Ανωτάτης Διοικήσεως και Ελέγχου των Ενόπλων Δυνάμεων» (ΦΕΚ 298/ 1968) δημιουργήθηκε το «Ανώτατο Συμβούλιο Εθνικής Αμύνης» το οποίο αποτελούταν από τον Πρωθυπουργό, τον Αντιπρόεδρο της Κυβερνήσεως, τον Υπουργό Εθνικής Αμύνης, τον Υπουργό Συντονισμού, τον Υπουργό η Υφυπουργό Εξωτερικών, τον Υπουργό Εσωτερικών και τον Αρχηγό των Ενόπλων Δυνάμεων. Ο Αρχηγός των Ενόπλων Δυνάμεων (ΑΕΔ) έχει αντικαταστήσει τον Αρχηγό του ΓΕΕΘΑ. Το ίδιο διάταγμα καθορίζει τις αρμοδιότητες του ΑΕΔ, ενώ τού απονέμεται ο τίτλος του Στρατηγού ή ο αντίστοιχος βαθμός των άλλων κλάδων. Ο ΑΕΔ προεδρεύει του «Ανωτάτου Συμβουλίου Ενόπλων Δυνάμεων»
Κατ’ αναλογία στον Στρατό, το Ναυτικό και Αεροπορία υπάρχουν οι οικείοι Αρχηγοί. Το «Ανώτατον Ναυτικόν Συμβούλιον» συντίθεται από τον Αρχηγό Ναυτικού (Πρόεδρος), τον Υπαρχηγό Ναυτικού «και των εν τη ημεδαπή τριών αρχαιότερων Μονίμων εν ενεργεία μαχίμων Υποναυάρχων των υπηρετούντων εις οργανικάς θέσεις του Ναυτικού και εις το Αρχηγείον Ενόπλων Δυνάμεων, ως μελών μετά ψήφου». Στο ίδιο διάταγμα ο Αρχηγός Στόλου αναφέρεται ως «Διοικητής Στόλου» ως μετέχων του «Ανωτάτου Ναυτικού Συμβουλίου Περιωρισμένης Συνθέσεως (πυρήν)», το οποίο αποτελείται από τον Αρχηγό Ναυτικού, τον Υπαρχηγό και τον Διοικητή Στόλου.
Η ηγεσία του Πολεμικού Ναυτικού από το 1974 ως σήμερα
Το Πολεμικό Ναυτικό συμμετείχε ενεργά στις διεργασίες πτώσης της «Χούντας των Συνταγματαρχών» με το Κίνημα του Ναυτικού και την αποστασία του αντιτορπιλικού Βέλους που έδωσε διεθνή δημοσιότητα στην αγανάκτηση και αντίδραση του Ελληνικού Λαού. Στην Μεταπολίτευση, με τον Νόμο Υπ’ Αριθμόν 660/ 1977 (ΦΕΚ 218/1977), «Περί Υπουργείου Εθνικής Αμύνης και των Οργάνων της Ανωτάτης Διοικήσεως και Ελέγχου των Ενόπλων Δυνάμεων» επανέρχεται ο Αρχηγός του Γενικού Επιτελείου Εθνικής Αμύνης και κατ’ επέκταση ο τίτλος «Αρχηγός Ναυτικού» αντικαθίσταται από τον σύγχρονο «Αρχηγός του Γενικού Επιτελείου Ναυτικού» (Α/ΓΕΝ). Στο άρθρο 20 του νόμου στο οποίο γίνεται ανάλυση του Ανωτάτου Ναυτικού Συμβουλίου (ΑΝΣ), επιστρέφει ο τίτλος «Αρχηγός Στόλου». Με το άρθρο 8 καθορίζεται η σύνθεση και οι αρμοδιότητες του Συμβουλίου Αρχηγών Γενικών Επιτελείων (ΣΑΓΕ) καθώς και του Ανωτάτου Συμβουλίου Εθνικής Αμύνης (ΑΣΕΑ). Το 1986 το ΑΣΕΑ θα αντικατασταθεί από το Κυβερνητικό Συμβούλιο Εξωτερικών και Άμυνας (ΚΥΣΕΑ).
Από το 1974 η Ηγεσία των Ενόπλων Δυνάμεων είχε ως άμεση αποστολή το ξεπέρασμα της ήττας στην Κύπρο παράλληλα με την εμπέδωση της ομαλότητας και της Δημοκρατίας στη Χώρα. Το ηθικό του προσωπικού των Ενόπλων Δυνάμεων έπρεπε να ανυψωθεί, ενώ η Ηγεσία προσπαθούσε παράλληλα να τις αποκαθάρει από νοσταλγούς του προηγούμενου καθεστώτος.
Το πρώτο επετεύχθη τόσο με την εκπαίδευση του προσωπικού με συνεχείς μετεκπαιδεύσεις τόσο στην Ελλάδα όσο και στο εξωτερικό στο πλαίσιο της Βορειοατλαντικής Συμμαχίας όσο και με τους εντατικούς εξοπλισμούς που κατέστησαν το ελληνικό Πολεμικό Ναυτικό ένα από τα πιο αξιόμαχα του κόσμου. Από το 1974 η Ελλάδα αποκτά τα νέου τύπου υπερσύγχρονα υποβρύχια γερμανικής κατασκευής, τα οποία αντικαθιστούν τα παλαιότερα αμερικάνικα που ήταν μεγάλα και εντελώς ακατάλληλα για την Μεσόγειο. Πλέον ο στόλος των ελληνικών υποβρυχίων αποτελεί τον φόβο και τον τρόμο όποιου απειλεί την εθνική θαλάσσιά μας κυριαρχία.
Επιπρόσθετα το Πολεμικό Ναυτικό θωρακίστηκε έτι περαιτέρω με την απόκτηση ενός ισχυρού ελαφρού στόλου με αιχμή του δόρατος τις πυραυλακάτους. Πάγιος σκοπός είναι η άμυνα των νησιών του Αιγαίου παράκτια, in littoral όπως είθισται να λέγεται, μια τακτική άκρως εναρμονισμένη με την φυσική πραγματικότητα του πεδίου της ενδεχόμενης μελλοντικής σύγκρουσης, το Αιγαίο Πέλαγος. Ο Ελληνικός Στόλος έχει σχεδιαστεί με τέτοιο τρόπο ούτως ώστε να εκμεταλλευθεί στο έπακρο τους πολλαπλασιαστές ισχύος που σχετίζονται με το θέατρο επιχειρήσεων.
Παράλληλα όμως έχει εξοπλιστεί και για την μάχη στην ανοικτή θάλασσα. Το Ενιαίο Αμυντικό Δόγμα επιτάσσει την κοινή άμυνα Ελλάδος – Κύπρου. Εδώ έρχονται να επιχειρήσουν οι φρεγάτες του Πολεμικού Ναυτικού. Οι φρεγάτες και τα άλλα πλοία του Πολεμικού Ναυτικού συμμετέχουν σε συμμαχικές ασκήσεις, στις οποίες καταλαμβάνουν πάντα τις καλύτερες αξιολογήσεις, όπως και στις περισσότερες διεθνείς συμμαχικές επιχειρήσεις ανθρωπιστικού χαρακτήρα. Αξίζει να αναφερθούν κάποιες από αυτές:
1) 2 Σεπτεμβρίου 1990, Ειρηνευτική Αποστολή
Στο πλαίσιο ψηφισμάτων του Συμβουλίου Ασφαλείας του ΟΗΕ αποφασίσθηκε η συμμετοχή ελληνικής δύναμης του Πολεμικού Ναυτικού, (διαδοχικά με τις φρεγάτες Έλλη και Λήμνος), στον Πόλεμο του Κόλπου. Η ελληνική αποστολή από τις 2 Σεπτεμβρίου 1990 έως τις 31 Ιουλίου 1991 εκτέλεσε μεγάλο αριθμό νηοψιών και ελέγχων φορτίων, εγγύς προστασία, καθώς και απαγόρευση θαλάσσιων μεταφορών προς και από το Ιράκ και το κατεχόμενο Κουβέιτ.
2) Μέσα Ιουλίου – 18 Αυγούστου 1993 επιχείρηση “ΧΡΥΣΟΜΑΛΛΟ ΔΕΡΑΣ”
Πρόκειται για τον επιτυχή απεγκλωβισμό 1013 Ελλήνων Ποντίων που είχαν παραμείνει στο Σοχούμι, μια πόλη που είχε βρεθεί στο επίκεντρο του εμφυλίου πολέμου Γεωργιανών και Αμπχαζίων. Οι τελευταίοι με την υποκίνηση της Μόσχας επιζητούσαν την ανεξαρτησία τους από το νεοσύστατο κράτος της Γεωργίας.
Της επιχείρησης ηγήθηκε ο Αξιωματικός του Πολεμικού Ναυτικού Βασίλειος Ντερτιλής (1949 – 24 Νοεμβρίου 2012), γιος του ηγετικού στελέχους της Χούντας Νικολάου Ντερτιλή. Προς αποφυγή οποιωνδήποτε αρνητικών συνειρμών τονίζεται ότι ο Βασίλειος Ντερτιλής υπήρξε ικανότατο στέλεχος του Πολεμικού Ναυτικού, το οποίο έβαζε πάντα πρώτο το συμφέρον της Πατρίδας.
Το σχέδιο της παραπάνω επιχείρησης προέβλεπε αποστολή επιβατηγού πλοίου στο Σοχούμι, συνοδευόμενο από στελέχη της Ομάδας Υποβρυχίων Καταστροφών (ΟΥΚ) με επικεφαλής τον Ντερτιλή, με σκοπό να παραλάβει τους εγκλωβισμένους Έλληνες. Η αποστολή στέφθηκε με απόλυτη επιτυχία.
3) 15 Μαρτίου 1997 Επιχείρηση “ΚΟΣΜΑΣ”
Επιτυχής επιχείρηση απεγκλωβισμού ξένων υπηκόων από την φλεγόμενη Αλβανία λόγω της κατάρρευσης του παρατραπεζικού συστήματος. Στην επιχείρηση συμμετείχαν η φρεγάτα Αιγαίον, η πυραυλάκατος Καβαλούδης, το ναρκαλιευτικό Κλειώ και η τορπιλάκατος Λαίλαψ.
4) 16 Ιουλίου 2006 Αποστολή στην Ανατολική Μεσόγειο
Η Επιχείρηση ΚΕΔΡΟΣ (16 Ιουλίου 2006 – 14 Σεπτεμβρίου 2006), στο πλαίσιο του Σχεδίου ΗΛΙΑΧΤΙΔΑ, έλαβε χώρα στην περιοχή Ανατολικής Μεσογείου (θαλάσσια περιοχή Λιβάνου-Κύπρου). Διατέθηκαν τέσσερις φρεγάτες, τρία αρματαγωγά, τρία ελικόπτερα, έξι ομάδες βατραχανθρώπων και ένα αεροσκάφος C-130, με σκοπό τον έγκαιρο και ασφαλή επαναπατρισμό Ελλήνων και ξένων πολιτών από την περιοχή του Λιβάνου, μετά τις επιχειρήσεις των Ισραηλινών δυνάμεων κατά της Οργάνωσης Hezbollah. Μεταφέρθηκαν 2.454 Έλληνες και αλλοδαποί πολίτες (κατόπιν αιτήσεως των χωρών τους), καθώς και υλικό ανθρωπιστικής βοήθειας.
Το δεύτερο επετεύχθη με την συνεχή επιμόρφωση των Αξιωματικών και Υπαξιωματικών σε Πανεπιστήμια της ημεδαπής και της αλλοδαπής. Πλέον τα στελέχη του Πολεμικού Ναυτικού αλλά και των Ενόπλων Δυνάμεων είναι εντεταγμένα πλήρως στην ελληνική κοινωνία και μέσα από τα εκπαιδευτικά ιδρύματα εμπεδώνουν ουσιαστικά την δημοκρατική συνείδηση.
Οι προκλήσεις για το Πολεμικό Ναυτικό συνεχίζουν να είναι ασταμάτητες. Πρώτο και κυριότερο η οικονομική στενότητα. Το Πολεμικό Ναυτικό καλείται να κρατηθεί αξιόμαχο και εξοπλισμένο ακολουθώντας την οικονομική πολιτική του Κράτους. Για τον λόγο αυτόν αναζητούνται λύσεις που να συνδυάζουν το βέλτιστο αποτέλεσμα με την ικανοποίηση των οικονομικών αναγκών που επιτάσσουν αρκετές φορές τις περικοπές των αμυντικών δαπανών. Το παραπάνω επιτυγχάνεται τόσο με την όσο το δυνατόν πιο λυσιτελή εκμετάλλευση του πεδίου, όπως αναφέρθηκε παραπάνω, όσο και με την συνεχή εκπαίδευση του προσωπικού. Τα στελέχη του Πολεμικού Ναυτικού καλούνται να ανταποκριθούν στην πολεμική τους αποστολή με τα υφιστάμενα μέσα. Η συνεχής εκπαίδευση του προσωπικού δημιουργεί έναν σημαντικότατο πολλαπλασιαστή ισχύος. Η γνώση των ορίων του υλικού και η άμεση επισκευή αυτού θα δώσει το τακτικό πλεονέκτημα στα ελληνικά πλοία, όταν πιθανώς ο εχθρός θα περιμένει νωχελικά το «κατάλληλο ανταλλακτικό».
