Στις 12 Σεπτεμβρίου 1916 ο Ελευθέριος Βενιζέλος με τον Ναύαρχο Παύλο Κουντουριώτη, συνοδευόμενοι από περίπου εκατό πολιτικούς και στρατιωτικούς οπαδούς τους, επιβιβάζονται στο Φάληρο στα ατμόπλοια «Εσπερία» και «Ατρόμητος» και φτάνουν στα Χανιά. Σκοπός τους είναι η δημιουργία Επαναστατικής Κυβέρνησης για τη συμμετοχή της Ελλάδας στον πόλεμο, στο πλευρό των Συμμάχων.
Η διάσταση απόψεων μεταξύ πρωθυπουργού και βασιλιά σχετικά με την εμπλοκή της Ελλάδας στον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο στο πλευρό των Αγγλογάλλων θα οδηγήσει σε μία παρατεταμένη κυβερνητική κρίση. Τον Φεβρουάριο του 1915, έγινε η πρώτη παραίτηση του Βενιζέλου. Στις εκλογές του Μαΐου 1915 (οι πρώτες εκλογές που ψηφίζουν και οι Θεσσαλονικείς) επικράτησε εκ νέου ο Βενιζέλος για να παραιτηθεί λίγο αργότερα. Στις 23 Σεπτεμβρίου του 1915, η Βουλγαρία κηρύξε επιστράτευση και εκδήλωσε τις αναθεωρητικές της βλέψεις (11 Οκτωβρίου 1915) με στρατιωτική επίθεση στη Σερβία.
Ο Βενιζέλος ενεργώντας αντισυνταγματικά, χωρίς να πάρει τη συναίνεση του βασιλιά και την έγκριση της Βουλής, κάλεσε βρετανικές και γαλλικές δυνάμεις να αποβιβαστούν στη Θεσσαλονίκη για να εξαναγκάσουν την Ελληνική Κυβέρνηση να εγκαταλείψει την πολιτική της ουδετερότητας. Στην πρωτεύουσα της Μακεδονίας συγκεντρώθηκαν 125.000 Γάλλοι και 100.000 Άγγλοι στρατιώτες. Η διοίκηση των γαλλοβρετανικών δυνάμεων ανατέθηκε στον στρατηγό Σαράιγ (Sarail).
Στα τέλη Δεκεμβρίου, γερμανικά αεροσκάφη βομβάρδισαν συμμαχικές θέσεις, ενώ στις 26 Ιουνίου 1916, οι Γερμανοί και οι Βούλγαροι κατέλαβαν τα στενά και το οχυρό του Ρούπελ. Στη συνέχεια, εισχώρησαν στην ανατολική Μακεδονία. Ο ελληνικός πληθυσμός υπέστη δριμεία μεταχείριση από τους Βουλγάρους.
Ο Σαράιγ αντέδρασε κηρύσσοντας τη Θεσσαλονίκη σε κατάσταση πολιορκίας και καταλαμβάνοντας το νησί της Θάσου. Στις 9 Ιουνίου του 1916, αγγλογαλλική διάσκεψη στο Λονδίνο αποφάσισε τον ναυτικό αποκλεισμό της Ελλάδας. Εκδόθηκε μάλιστα ανακοινωθέν που απαιτούσε την παραίτηση της κυβέρνησης, νέες εκλογές, ανάκληση της επιστράτευσης και την απομάκρυνση των στρατιωτικών και των πολιτικών ανώτερων διοικητικών στελεχών που ήταν εχθρικώς διακείμενοι προς την Αντάντ . Οι Γερμανοί και οι Βούλγαροι από την άλλη, κατέλαβαν το λιμάνι της Καβάλας κι έστειλαν την ελληνική φρουρά 8.000 ανδρών σε στρατόπεδα της Γερμανίας.
Στις 29 Αυγούστου του 1916, στη Θεσσαλονίκη εκδηλώθηκε το Κίνημα της Εθνικής Αμύνης, το οποίο υποστηρίχθηκε από το Σαράιγ. Ο Βενιζέλος επέστρεψε στην πατρίδα του, την Κρήτη, και από εκεί ανήγγειλε τη δημιουργία μιας προσωρινής κυβέρνησης με έδρα τη Θεσσαλονίκη, όπου αποβιβάστηκε στις 9 Οκτωβρίου. Οι Σύμμαχοι αναγνώρισαν de facto την κυβέρνηση της Θεσσαλονίκης, ενώ επέτειναν τις πιέσεις τους στην κυβέρνηση των Αθηνών. Άγγλοι και Γάλλοι αξιωματικοί πήραν στα χέρια τους τον έλεγχο των σιδηροδρόμων, των ναυστάθμων και των οχυρώσεων της Αθήνας.
Την 1η Δεκεμβρίου, ο Γάλλος ναύαρχος Dartige du Fournet (Νταρτίζ ντι Φουρνέ) αποβίβασε 2.500 άνδρες για να ελέγξει την πρωτεύουσα. Γύρω από το Ζάππειο, τον Εθνικό Κήπο και στον λόφο του Φιλοπάππου έγιναν οδομαχίες μεταξύ των Γάλλων στρατιωτών και το λεγόμενων επιστράτων. Ο γαλλοβρετανικός στόλος άνοιξε πυρ και εξήντα τέσσερις οβίδες έπεσαν στην πόλη. Τις δύο επόμενες μέρες ξέσπασε απηνής διωγμός εναντίον των βενιζελικών. Στις 11 Ιουνίου 1917, οι Γάλλοι και οι Βρετανοί επέδωσαν τελεσίγραφο στον Έλληνα πρωθυπουργό που απαιτούσε την παραίτηση του βασιλιά μέσα σε 24 ώρες, καθώς και τον αποκλεισμό του πρίγκιπα διαδόχου από τον θρόνο. Ο βασιλιάς Κωνσταντίνος παραιτήθηκε κι έφυγε εξόριστος στην Ελβετία· τον αντικατέστησε ο μικρότερος γιος του, Αλέξανδρος ο Α΄ (1893-1920). Στις 27 Ιουνίου, ο Ελευθέριος Βενιζέλος γινόταν και πάλι πρωθυπουργός της Ελλάδας.
Γενικά για την περίοδο 1914 – 1922
Μετά τους νικηφόρους για τον Eλληνισμό Βαλκανικούς Αγώνες, ξεκινά για την Ελλάδα η περίοδος της μεγάλης κρίσης. Η διάσταση απόψεων που ήδη υπήρχε μεταξύ βασιλέα Κωνσταντίνου και πρωθυπουργού, Ελευθερίου Βενιζέλου οξύνθηκε, με αποτέλεσμα ολόκληρη η ελληνική κοινωνία να οδηγηθεί σε πόλωση, η οποία στην κορύφωσή της, θα καταλήξει στον λεγόμενο Εθνικό Διχασμό. Τη δημιουργία, δηλαδή, στον ελλαδικό χώρο δύο κέντρων εξουσίας, του βασιλικού στην Αθήνα και του βενιζελικού στη Θεσσαλονίκη. Αυτός ο διχασμός θα οδηγήσει τους Αγγλογάλλους σε κατάφορες παραβιάσεις της εθνικής κυριαρχίας και ο Eλληνισμός θα κινδυνεύσει να χάσει ό,τι κέρδισε ενωμένος λίγα χρόνια πριν.
Η διάσταση αυτή είχε φαινομενικά να κάνει με το αν η Ελλάδα θα έμπαινε στον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο στο πλευρό των Αγγλογάλλων (άποψη του Βενιζέλου) ή θα παρέμενε ουδέτερη (άποψη του Κωνσταντίνου). Εντούτοις, τα αίτια της πόλωσης στην κοινωνία ήταν βαθύτερα και είχαν να κάνουν με την αφομοίωση των πληθυσμών των λεγομένων Νέων Χωρών στον εθνικό κορμό. Με την προσάρτηση της υπόλοιπης Ηπείρου, καθώς και της Μακεδονίας, νέες παραγωγικές δυνάμεις εμφανίστηκαν, οι οποίες ενίσχυσαν την αστική τάξη της χώρας. Αυτό δημιούργησε αντίδραση στην παλαιά Ελλάδα και στους εκπροσώπους των παλαιών παραγωγικών δομών. Πρέπει επίσης να τονισθεί ότι με το κόμμα του Κωνσταντίνου τάχθηκαν και αρκετοί άνθρωποι χαμηλής οικονομικής τάξης, οι οποίοι θεωρούσαν ότι δεν μπορούσαν να ανταποκριθούν στις ταχύτατες αλλαγές.
Αυτός ο διχασμός φάνηκε να κοπάζει όσο η Ελλάδα νικούσε στον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο και στη Μικρά Ασία παρά τη δολοφονία του Ίωνα Δραγούμη από βενιζελικούς και τις απόπειρες δολοφονίας εναντίον του Βενιζέλου και του Παύλου Κουντουριώτη από φιλοβασιλικούς, δείγματα της έντασης που υπέβοσκε. Εντούτοις, θα επανέλθει μετά το 1922 δριμύτερος και θα ταλανίσει τη χώρα τουλάχιστον μέχρι το 1935.
Η περίοδος αυτή θα κλείσει με την καταστροφή της Σμύρνης και την παύση του Eλληνισμού της Ιωνίας, του οποίου η ύπαρξη μαρτυρείται ήδη από τα μυκηναϊκά χρόνια. Με αυτόν τον τραγικό τρόπο απενεργοποιείται η Μεγάλη Ιδέα και το ελληνικό κράτος θα αντιμετωπίσει το επιτακτικό πρόβλημα της ένταξης και αφομοίωσης των προσφύγων. Οι πρόσφυγες με την παρουσία τους θα τονώσουν οικονομικά και κοινωνικά το κράτος, αλλά παράλληλα, θα ενταθεί και το διχαστικό πνεύμα στην ελληνική κοινωνία, καθώς πολλοί από αυτούς θεωρούσαν τον Βενιζέλο ή τον Κωνσταντίνο υπεύθυνο για τη δεινή κατάσταση, στην οποία είχε περιέλθει η χώρα.
